Im April 1930 heiratete sie Wilhelm Prinz von Isenburg und Büdingen (1903-1956), der 1937 Professor für Sippen- und Familienforschung in München wurde und die Rassenideologie des Nationalsozialismus vertrat.

Bereits seit 1946 kümmerte sich Helene von Isenburg bei mehreren Gruppierungen um inhaftierte NS-Kriegsverbrecher. Im Oktober 1951 wurde die "Stille Hilfe für Kriegsgefangene und Internierte e.V." gegründet und sie zur ersten Präsidentin gewählt. Die NS-Verbrecher wurden in Presseaktionen in der Regel als schuldlose Opfer und reine Befehlsempfänger und Mitläufer dargestellt. Die Organisation und sie setzten sich vehement für die Freilassung der als Kriegsverbrecher Inhaftierten ein. Die Stille Hilfe war auch jene rechtsradikale Organisation, die damals untergetauchte NS-Verbrecher nach Südamerika schleuste. Die Nazis hatten nach dem Krieg hochrangige Freunde und Helfer, die nicht nur versuchten, sie vor der Todesstrafe zu bewahren, sondern auch eine Vielzahl von ihnen ins Ausland brachten.

Die "Stille Hilfe für Kriegsgefangene und Internierte" war eine der erfolgreichsten Organisationen, die Massenmördern und hochkarätigen Kriegsverbrechern half, sich ihrer Strafe zu entziehen.

Seit Kriegsende unermüdlich im Einsatz, bekam die Organisation 1951 den Status eines gemeinnützigen, eingetragenen Vereins; Spenden waren steuerlich absetzbar. Sie wollte die in Landsberg einsitzenden Faschisten vor dem Galgen retten und mobilisierte dafür sogar Papst Pius XII., der ihr seine Unterstützung im November 1950 auch zusagte. Die "Mutter der Landsberger", wie sich die Prinzessin selbst gern nannte, half dabei, untergetauchte NS-Verbrecher über die "Rattenlinie" aus dem Land zu schleusen. Die Rattenlinie, bei den beteiligten Helfern "Klosterroute" genannt, führte entlang der wichtigsten Passstraßen nach Italien, wo entlegene Klöster Schlupflöcher boten. Von dort ging es dann weiter, meist nach Südamerika.

Helene Elisabeth Prinzessin von Isenburg gab ihr Amt als Präsidentin der Stillen Hilfe im Jahr 1959 aus gesundheitlichen Gründen ab, blieb dem Verein aber als Integrationsfigur und Kontaktperson bis zu ihrem Tod am 24. Januar 1974 in Heiligenhaus eng verbunden.