Eduard Balser hatte 1907 in Mainz die Reifeprüfung bestanden und studierte anschließend Medizin in Gießen, Freiburg und München.
Am 6. April 1914 legte er an der Universität Gießen seine medizinische Dissertation mit dem Thema "Der Einfluss des Alkohols auf Bakterien" vor.
Seine berufliche Laufbahn begann als Assistenzarzt am pathologischen Institut des Städtischen Krankenhauses zu Mainz, 1919 wurde er Kreisassistenzarzt, Amtsarzt beim Kreisgesundheitsamt Mainz, 1920 Amtsarzt zu Bad-Salzhausen, 1927 Kreisarzt des Kreisgesundheitsamts Alsfeld als Medizinalrat und 1929 Kreisarzt des Kreisgesundheitsamts Büdingen. Am 21. September 1933 wurde er aus dem Dienst entlassen.
Zu Balser existiert dennoch eine Entnazifizierungsakte.
Balser ist auf dem Alten Darmstädter Friedhof bestattet (siehe Abbildung).