Der Sohn des Industriellen Max Berl studierte nach dem Abitur von 1894 bis 1901 Chemie an den Technischen Hochschulen in Wien und Zürich, promovierte 1901 und war seit 1904 Privatdozent.

Berl arbeitete von 1914 bis 1918 als leitender Chemiker am k.u.k. Kriegsministerium in Wien. Während des Ersten Weltkriegs arbeitete er an Explosivstoffen und an Chemiewaffen.

1919 erhielt er einen Ruf an die Technische Hochschule (heute: Technische Universität) in Darmstadt als Professor der technischen Chemie und Elektrochemie. Von 1921 bis 1924 war er Dekan seiner Fakultät.

Da Berl für die Nationalsozialisten als "Nichtarier" galt, endete 1933 seine Zeit an der Technischen Hochschule Darmstadt, er wurde am 26. September 1933 in den Ruhestand versetzt.

Berl wohnte in seiner Darmstädter Zeit in der Wilhelmsstraße 40.

Er verließ Darmstadt und nahm einen Ruf an das Carnegie-Institute of Technology in Pittburgh/USA an.

In der TU Darmstadt erinnert seit 2002/2003 das "Ernst-Berl-Institut für Technische und Makromolekulare Chemie" an diesen Wissenschaftler.

Nach Isabel Schmidt [1] sei 2013 auch überlegt worden, eine Straße auf dem TU-Gelände auf der Lichtwiese nach Berl zu benennen. Doch da Berl während des Ersten Weltkrieges militärische Forschungen betrieben hätte, habe man davon Abstand genommen.