Nach dem Abitur 1899 studierte Schmidtgen Zoologie in Gießen und wurde dort auch Mitglied der Burschenschaft Alemannia Gießen. Nach dem Staatsexamen nahm er zunächst eine Stelle am Realgymnasium Darmstadt und später in Büdingen an.
1907 promovierte er mit einer Arbeit über "Die Cloake und ihre Organe bei den Schildkröten".
Im Jahr 1914 wurde er Direktor des Naturhistorischen Museums in Mainz und 1917 zum Professor ernannt.
1939 erschien in der NS-Zeitschrift "Volk und Scholle" eine ganzseitige Anzeige anlässlich seines Todes:
Die Anzeige wird geschmückt mit einer Fotografie, die ihn 1937 mit Hitler in Berlin zeigt und folgende Bildunterschrift trägt:
Schmidtgen hatte wiederholt für "Volk und Scholle" geschrieben.