Er schloss sich am 1. Mai 1933 der NSDAP mit der Mitgliedsnummer 1 888 679 an.
Bereits in der Weimarer Republik, 1929, war von Becker in "Volk und Scholle" ein dreiseitiger Artikel, überschrieben mit "Rassenforschung in Hessen", erschienen, in dem er von einer "Wissenschaft" spricht, "die zur Selbsterkenntnis des Menschen und darüber hinaus zu einer neuen Rassenethik führen kann.".
Es scheint sein Thema zu sein, denn in der Ausgabe 1934 wird er deutlicher bei der Besprechung der Schrift "Rasse, Monatsschrift der nordischen Bewegung" und führt wörtlich aus:
In einer Sitzung des Historischen Vereins für Hessen am 21. Februar 1938 sprach Becker über "Probleme der Judenforschung". Dort führt es u. a. folgendes aus:
Ein erstes wesentliches Problem ist die Rassenzugehörigkeit der Juden. ... .
Als Fremdkörper riefen sie schon im vorchristlichen Alexandrien judenfeindliche Bewegungen hervor. ... .
Das talmudische Denken hat den Intellektualismus, das Abstraktionsvermögen, aber auch eine gewissenlose Rabulistik entwickelt. Inwieweit die hohe Kriminalität der Juden damit zusammenhängt, müßte erst untersucht werden. Vielleicht liegt auch hier der Grund für den Erfolg wirtschaftlicher Unternehmungen. ... .
Der Erwerb ohne Handarbeit auf Kosten anderer steht im Vordergrund."
Die Zitate der rassistischen und antisemitischen Ausführungen sollen hier enden, sie könnten jedoch noch weiter fortgesetzt werden. Folgerichtig wird Becker und Professor Christian Waas aus Bad-Nauheim in der Hauptversammlung am 27. März 1944 "in Würdigung ihrer besonderen Verdienste um die hessische Landesgeschichte zu Ehrenmitgliedern des Vereins" ernannt.
Im Bericht über die "erste außerordentliche Hauptversammlung nach dem Zusammenbruch" des Vereins am 25. Juni 1949, die in der Technischen Hochschule Darmstadt stattfand, wird das "Ehrenmitglied Professor W. M. Becker" mit einem Beitrag zur Satzung erwähnt. Einen Hinweis auf eine kritische Diskussion über die Rolle des Vereins findet sich in diesem Bericht nicht.
Im Entnazifizierungsverfahren wurde er natürlich als Mitläufer eingestuft und musste 1.000 Reichsmark Sühne zahlen. Nach Angabe auf der Entnazifizierungskartei war Prof. Dr. Becker als Hilfsarbeiter im Hessischen Staatsarchiv eingesetzt. Zu welchen Akten Becker Zugang hatte, ist leider nicht überliefert.
1952 beschloss die Hessische Historische Kommission Darmstadt den "entnazifizierten" Prof. Dr. phil. Studienrat Wilhelm Martin Becker als Mitglied in ihre Kommission aufzunehmen.
Becker wohnte in der NS-Zeit in Darmstadt, Büchnerstraße 15 (1934).