Er studierte in Karlsruhe und Göttingen und legte 1932 an der Technischen Hochschule Karlsruhe seine Dissertation über das Thema "Spannungsverteilung und Wellenausbreitung in der kontinuierlich gestützten Platte" und 1936, ebenfalls in Karlsruhe, seine Habilitation über "Temperaturverlauf und Temperaturspannungen in Platten- und schalenförmigen Körpern" vor.

Nach der Habilitation wechselte er an das Institut für Festigkeitslehre der Deutschen Versuchsanstalt für Luftfahrt (DVL) in Berlin-Karlshorst.

1943 (1944) wurde er zum Professor im Reichsdienst ernannt und damit direkt dem Reichsluftfahrtministerium unterstellt. Die DVL führte kriegswichtige Forschungen im Bereich der Luftfahrt im Auftrag des Reichsluftfahrtministeriums durch.

Nach 1945 war er zunächst in der französischen Luftfahrtforschung tätig.

Nach Angabe im Meldeblatt von 1947 zog er am 29. Oktober 1947 nach Darmstadt, zunächst in die Liebigstraße 17 und 1948 in die Frankfurter Straße 84.

1947 wurde er noch vor seiner Entnazifizierung kommissarisch als ordentlicher Professor für Mechanik an die Technische Hochschule berufen.

Marguerre war Mitglied der NSDAP-Schlägerbande SA und hatte den Dienstrang eines Rottenführers.

Im Entnazifizierungsverfahren wurde er 1948 zunächst als Mitläufer eingestuft, im weiteren Verfahren gelang ihm die Einstufung als Entlasteter.

Nun konnte zum 1. Januar 1949 die offizielle Berufung erfolgen. Er wurde dreimal als Dekan der Fakultät für Mathematik und Physik gewählt und 1966/67 war er Rektor der TH Darmstadt.

In der Veröffentlichung von Christoph Hamann und Beate Kosmala, "flitzen – verstecken – überleben" wird berichtet, dass Marguerre 1943 und 1944 in seinem Haus in Berlin Verfolgte aufgenommen habe.

Die Darmstädter CDU nominierte den inzwischen im Rehkopfweg 7 wohnenden Marguerre als Kandidaten für die Stadtverordnetenwahl 1972 auf Platz 85.

1974 wurde er emeritiert. Seine Grabstätte befindet sich auf dem Alten Friedhof in Darmstadt.