Er hatte 1933 in Heidelberg mit einer Arbeit über "Augenveränderung bei Sklerodermie unter besonderer Berücksichtigung eines Falles der Heidelberger Augenklinik" promoviert.

Nach Angabe in der Entnazifizierungskartei war der ledige, der Evangelischen Kirche angehörende Thon am 1. Dezember 1931 der NSDAP beigetreten und gehörte zur Ortsgruppe Arheilgen. Als Beruf wurde Assistenz-Arzt angegeben und als Adresse die Grafenstraße 9, die allerdings gestrichen und durch Bernhardstraße 3 ersetzt wurde. Die Angabe "Grafenstraße 9" spricht für eine Anstellung in den Städtischen Krankenanstalten.

Im Darmstädter Adressbuch wurde er 1940, 1941 und 1942 als "Thon, Emil, Dr. med., Bernhardstraße 3" geführt. Nach 1945 ist Thon in den Ärzteverzeichnissen nicht mehr enthalten.