Nach dem Besuch der Volksschule in Simmern wechselte er auf das dortige Realgymnasium und 1916 auf das Kaiser-Wilhelm Realgymnasium in Koblenz, wo er im Juni 1918 das Abitur ablegte. Danach leistete er zu Ende des Ersten Weltkriegs von Juni bis Oktober Kriegsdienst im Infanterieregiment Nr. 28.
Im Sommersemester 1919 nahm er das Studium der Medizin an der Universität Bonn auf und legte dort das ärztliche Vorexamen ab. Anschließend wechselte er an die Universitäten Heidelberg und Frankfurt, wo er Ende des Wintersemesters 1934/24 das medizinische Staatsexamen bestand.
1924 legte er in Frankfurt seine medizinische Dissertation vor, die den Titel "Vergleichende Schulkinderuntersuchungen vom kleinbäuerlichen Kreise Simmern (Rheinland)" trug. Zu dieser Zeit arbeitete er als Medizinalpraktikant an der Universität Frankfurt.
Im Meldeblatt für die polizeiliche Registrierung von 1946 gab er an, von 1939 bis 1944 in Koblenz, von Oktober 1944 bis Juni 1945 in Jena, danach bis Februar 1946 in Groß-Gerau und schließlich dann in Darmstadt, Heinheimer Straße 21 gewohnt zu haben. Das Adressbuch von 1949 [4] verzeicnet ihn noch als Geschäftsführer der Kassenärzlichen Vereinigung.
Nach Angabe der Entnazifizierungskartei trat Baumgarten 1939 der NSDAP bei. Im Entnazifizierungsverfahren wurde er als Mitläufer eingestuft und mit einer Sühnelsitung von 1.000 Reichsmark belegt.