Benninghoff besuchte in Darmstadt das Realgymnasium und legte dort 1909 sein Abitur ab.

Anschließend studierte er bis 1914 Medizin an den Universitäten München (drei Semester) und Heidelberg (sechs Semester).

Von 1914 bis 10. Januar 1919 nahm er am Ersten Weltkrieg teil.

An der Universität Heidelberg legte er am 14. Juli 1919 seine medizinische Dissertation zum Thema "Über relative incontinentia urinae beim Weibe und ihre Behandlung mit Blasen- und Harnröhrenraffung" vor.

Berufliche Stationen waren die Universität Kiel 1924 als Privatdozent und ab 1925 als Professor. 1941 wechselte er an die Universität Marburg als Anatomie-Professor.

Dort war er von 1947 bis 1949 Dekan der Medizinischen Fakultät, von 1950 bis 1952 Rektor der Universität Marburg und von 1952 bis 1953 Prorektor der Universität Marburg.

Benninghoff wurde 1940 Mitglied des Nationalsozialistischen Deutschen Ärztebundes und übte ab 1941 die Tätigkeit eines Gau-Dozentenführers aus. 1941 trat er der NSDAP und dem Nationalsozialistischen Deutschen Dozentenbund bei. Weitere Mitgliedschaften bestanden bei der NS-Volkswohlfahrt und zusätzlich war er förderndes Mitglied des NS-Fliegerkorps.

Im Rahmen der Entnazifizierung gab er als Begründung für seine Mitgliedschaft in der NSDAP und weiteren NS-Organisationen an, dass im Verweigerungsfall sein wissenschaftliches Lebenswerk gefährdet gewesen wäre.