Im Gesamtverzeichnis ist von einem Johannes Protzer nur eine Dissertation verzeichnet. Sie hatte das Thema "Die Leitung der Nachgeburtsperiode an der Würzburger Universitäts-Frauenklink in der Zeit vom 1. April 1927 bis 1. April 1929" und wurde am 17. Juli 1930 an der Universität Würzburg vorgelegt.
Protzer zog im Juni 1935 nach Darmstadt, das Adressbuch von 1936 verzeichnete ihn als "Protzer, Johs., Dr. med., Augenarzt, Rheinstraße 12, Whg.: Alfred-Messel-Weg 50".
Der Arzt war nach Ende der Aufnahmesperre am 1. Mai 1937 der NSDAP beigetreten und war darüber hinaus Mitglied im NSKK, dem NS-Ärztebund und der NSV. Von 1934 bis 1939 hatte er die Funktion einer San.-Obertruppführers.
Im Entnazifizierungsverfahren wurde er als Mitläufer eingestuft und zu einer Sühneleistung von 1.000 Reichsmark verurteilt.
Während er seine Praxis in der Rheinstraße 12 (1936 bis 1942) betrieb, wohnte er im Alfred-Messel-Weg 50 (1936) und danach in der Frankfurter Straße 23 (bis 1940). Die Ausgabe des Adressbuches von 1941 verzeichnete seine Wohnung am prominenten "Adolf-Hitler-Platz 4" (heute Luisenplatz).
Die Veröffentlichung über die Mitgliederversammlung 1936 der Deutschen Ophthalmologischen Gesellschaft führte ihn als neu aufgenommenes Mitglied auf.
Die Veröffentlichung über die Mitgliederversammlung vom 23. September 1969 der Deutschen Ophthalmologischen Gesellschaft führte ihn noch als Mitglied.
Direkt nach dem Zweiten Weltkrieg praktizierte er in der Wilhelm-Leuschner-Straße 7. Das Adressbuch von 1949 führte ihn als Augenarzt mit Praxis in der Bismarckstraße 11 und Wohnung in der Prälat-Diehl-Straße 40. Später praktizierte er in der Bismarckstraße 18.